Администрация создана в соответствии с приказом Министерства транспорта Российской Федерации от 31 декабря 1996 года № 104 в результате реорганизации в форме выделения из Государственного учреждения «Волго-Донское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства». Общая протяженность водных путей составляет 691,3 км.

Основными целями деятельности Администрации являются: эксплуатация и развитие внутренних водных путей и гидротехнических сооружений, обеспечение судоходства на внутренних водных путях  в границах ответственности, безопасность судоходных гидротехнических сооружений.

Основные внутренние водные пути: реки Дон, Северский Донец, Маныч, подходной канал к Усть-Донецкому порту.