Согласно Положению о Федеральном агентстве морского и речного транспорта, утвержденному постановлением Правительства Российской Федерации от 23 июля 2004 года № 371, Росморречфлот осуществляет в порядке и пределах, определенных федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимые для обеспечения исполнения функций федеральных органов исполнительной власти в сфере морского и речного транспорта, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям и федеральным государственным учреждениям, подведомственным Росморречфлоту.

Федеральные государственные унитарные предприятия, находящиеся в ведении Росморречфлота, осуществляющие деятельность в сфере морского и внутреннего водного транспорта: